生产中每次蒸完酒后的酒醅经过扬凉、加曲后都要堆集发酵4~5天，其目的是使醅子更新富集微生物，并使大曲中的霉菌，嗜热芽孢杆菌、酵母菌等进一步繁殖，起二次制曲的作用。堆集品温到达45~50℃时，微生物已繁殖得较旺盛，再移入窖内进行发酵，使酿酒微生物占据优势，保证发酵的正常进行，这是酱香型白酒生产独有的特点。
发酵时，糟醅采取原出原入，达到以醅养窖和以窖养醅的作用。每次醅子堆积发酵完后，准备入窖前都要用尾酒泼窖。保证发酵正常、产香良好。尾酒用量由开始时每窖15kg逐渐随发酵轮次增加而减少为每窖5kg。每轮酒醅都泼入尾酒，回沙发酵，加强产香，酒尾用量应根据上一轮产酒好坏，堆集时醅子的干湿程度而定，一般控制在每窖酒醅泼酒15kg以上，随着发酵轮次的增加，逐渐减少泼入的酒量，后丢糟不泼尾酒。回酒发酵是酱香型大曲白酒生产工艺的又一特点。
易挥发物质少，对人体刺激小
酱香型酒“三高”的特点，蒸馏时接酒温度高达40度以上，比其他香型的酒接酒时的温度高出近一倍，高温下有效地挥发了有害于人体健康的物质。
而且酱香酒要经过三年以上的贮存，容易挥发的物质更能挥发掉绝大部分，所以酒体中保存的易挥发物质少，对人体的刺激小，有利于健康。
酸度高，有利于健康
酱香型酒的酸度高，是其他酒的3至5倍，而且主要以乙酸和乳酸为主。根据中医理论，酸主脾胃、保肝、能软化血管。西医也认可，食酸有利于健康。道教和佛教也很重视酸的养生功能。