预付款保函除在国际工程承包项目中使用外，也适用于货物进出口、劳务合作和技术贸易等业务。例如，在成套设备及大型交通工具的合同中，通常采用带有预付性质的分期付款或延期付款支付部分价款。在这种交易中，进口人在签订合同后，向出口人开立履约保证书，由银行保证进口人按合同规定按期支付价款，同时，出口人也向对方开立还款保证书。
预付款保函,是指担保人(银行)根据申请人(合同中的预收款人，通常情况下是出口商)的要求向受益人(合同中的预付款人，通常是进口商)开立的，保证一旦申请人未能履约，或者未能全部履约，将在收到受益人提出的索赔后向其返还该预付款的书面保证承诺。一般而言预付款保函生效条件是保函一经开出即可生效。
预付款保函扣除
当申请人未能向受益人履行合约，则银行将代替申请人向受益人支付预付款，同时，申请人在银行购买的此项服务终止，预付款保函失效。
预付款保函是合同乙方保证自己收入的一种手段，这种保障手段多出现在工程中，为了保障合同双方平等，若有条件，甲方都应该先申请办理预付款保函，目的是为了在项目结束时，如果自己没有能力完成和合同约定的条款，将由银行出面，将甲方事先支付的预付款付给乙方，保证乙方的权益不受损失。当银行履行完此项业务时，预付款保函扣除。
预付款保函与履约款保函的区别
1、履约保函：
由担保人为施工方(申请人)向业主(受益人)提供的，保证施工方履行工程建设合同责任和义务，承包商不履行合同的，业主可要求保证人在保函金额内承担保证责任。保证人在承担保证责任后，可依法向承包商追偿。履约保函也可以适用于分包合同、材料设备供货合同的履行。一般是在签订合同时要做的事。简而言之是为了防止施工单位或供货商不按合同约定履行义务。担保的时间往往要贯穿整个项目，比较长。
2、预付款保函：
预付款保证担保是指由保证人为施工方向业主提供的，保证人对施工方履行扣还预付款义务的保证。以防止施工方在收到业主的预付款后将款项挪作他用或宣布破产等。当施工方在规定的时间内还清预付款项后，业主就需退还预付款保函。一般是在业主拿出预付款的时间段需要做的事，其实为了防止施工单位或供货商拿了预付款就跑路的事情发生。担保的时间往往不长，一般30-90天。
两者的适用范围都非常广泛，政府采招项目，大型房地产公司的招标项目，铁路物资招标项目、南方电网、国家电网的招标项目、中国移动、联通等都会明确要求必须提供此类保函，以保证项目的规范性。 广义上履约保函包括了履约保函、预付款保函、质量保修保函等，预付款保函其实是一种特殊形式的履约保函。 有时候一个项目中只要求提供一个履约保函。而不需要预付款保函，因为有的项目就没有预付款，有时候会要求履约、预付款保函同时开具，具体情况须当以实际项目而定。