黄晓军于1987年毕业于中山医科大学医疗系；1992年获得北京医科大学获医学博士学位；1997—1998年在美国阿尔伯特·爱因斯坦医学院肿瘤研究中心从事血液恶性肿瘤新的研究；2005年任北京大学血液病研究所所长 ；2007年获得“国家杰出青年科学基金”资助；2012年入选“科技北京百名领军人才”；2013年入选“国家百千万人才工程”；2017年3月入选“中国十大医学新闻人物”；2022年当选为中国医学科学院学部委员；2023年当选法国国家医学科学院外籍通讯院士；2023年11月，当选为中国工程院院士。
北京大学人民医院血液科黄晓军加急住院挂号）兼任亚太血液联盟常委会主任、世界华人医师协会第四届理事会副会长、第四、五届中国医师协会血液科医师分会会长、第九届中华医学会血液学分会主委。
2007年担任国家杰出青年科学基金项目负责人，创新团队带头人。负责承担国家自然科学基金国家“863”基金、“985”基金、北京大学211基金、卫生部基金、教育部博士点和“新世纪人才”等多项基金。发表论文100多篇，综述10多篇，专著10部。1996年被评为硕士研究生导师，1999年获北京市医务工作者，2003年获北京市五、四青年称号，被评为博士生导师。2005年被评为教育部“新世纪人才”。在2006年获中华医学科技奖二等奖，2008年卫生部吴杨奖获得者，2008年中国医师奖获得者。
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【社会任职】
《中国实用内科杂志》副主编
《中国学杂志》副主编
《中华医学杂志英文版》编委
《中华医学杂志》编委
《中国医学论坛》报血液肿瘤专刊副主编
《国际输血及血液学杂志》编委
《中国实验血液学杂志》副主编
血液学分会常务委员
北京医师专家委员
北京市血液肿瘤专业委员